インストール (Debian)

OS として Debian を利用するが, 何らかの理由で 地球流体電脳倶楽部の謹製品の Debian パッケージ を使えない場合には, 以下のようにインストールします．

Debian パッケージのインストール

Fortran コンパイラのインストール

Debian パッケージのインストールをして下さい.

$ sudo apt-get install gfortran 

LAPACK, blas のインストール

Debian パッケージのインストールをして下さい.

$ sudo apt-get install  libblas3-dev liblapack3-dev

NetCDF のインストール

NetCDF ver.4 の Debian パッケージをインストールして下さい． Fortran インターフェイスも必要となりますので，忘れずにインストールしておいて下さい． なお, 並列計算を行う場合であっても netcdf-mpi をインストールする必要ありません (その部分は gtool5 が担うので).

$ sudo apt-get install  libnetcdff6 libnetcdf-dev libnetcdff-dev netcdf-bin 

(並列計算の場合のみ) MPI のインストール

$ sudo apt-get install  libopenmpi-dev openmpi-bin

gtool5 のインストール

最新版のダウンロードと解凍.

$ wget https://www.gfd-dennou.org/library/gtool/gtool5/gtool5_current.tgz
$ tar zxvf gtool5_current.tgz 

シングル版

$ export FC=gfortran
$ export SYSFFLAGS=-I/usr/include
$ ./configure --prefix=/usr/local/gtool5 --with-netcdff=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libnetcdff.a --with-netcdf=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libnetcdf.so --with-netcdf-include=/usr/include/netcdf.h
$ make

MPI 並列版

$ export FC=mpif90
$ export SYSFFLAGS=-I/usr/include
$ ./configure --prefix=/usr/local/gtool5 --with-netcdff=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libnetcdff.a --with-netcdf=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libnetcdf.so --with-netcdf-include=/usr/include/netcdf.h --enable-mpi 
$ make

deepconv のインストール

シングル版

CPU 1 コアで動かす場合は以下のようにコンパイルして下さい． configure に特にオプションを指定する必要はありません. gt5frt は gfortran のラッパーで，netcdf や gtool などのライブラリパスが指定されています.

$ git clone https://github.com/gfd-dennou-club/Dennou-deepconv-arare6.git
$ export FC=gt5frt
$ ./configure
$ make

bin 以下にバイナリが作成される.

MPI 並列版

$ git clone https://github.com/gfd-dennou-club/Dennou-deepconv-arare6.git
$ export PATH=$PATH:/usr/local/gtool5/bin
$ export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/gtool5/lib
$ export FC=gt5frt
$ ./configure --with-mpi
$ make

bin 以下にバイナリが作成される.